Bioconductor Single Package Builder - Build History

Snapshot Date:

URL: https://git.bioconductor.org/packages/scHiCcompare

Last Changed Rev: / Revision:

Last Changed Date:

Hostname	OS /Arch	BUILD	CHECK	BUILD BIN	POST-PROCESSING
nebbiolo1	Linux (Ubuntu 24.04.1 LTS)/x86_64	ERROR	skipped	skipped	skipped

nebbiolo1 Summary

[top]

Package: scHiCcompare

Version: 0.99.9

RVersion: 4.5

BiocVersion: 3.21

BuildCommand: /home/biocbuild/bbs-3.21-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data scHiCcompare

BuildTime: 0 minutes 33.80 seconds

CheckCommand:

CheckTime:

BuildBinCommand:

BuildBinTime:

PackageFileSize: -1.00 KiB

BuildID:: scHiCcompare_20250321170225

PreProcessing: Starting Git clone. Installing dependencies. Checking Git Clone. Installing package: scHiCcompare. Starting Build package.

PostProcessing: Finished Git clone. Package type: Software. Installing dependency status: 0. Checking git clone status: 0. Installing package status: 0. Build Package status: 1.

nebbiolo1 BUILD SRC output

[top]

===============================

 R CMD BUILD

===============================

* checking for file ‘scHiCcompare/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘scHiCcompare’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ... ERROR
--- re-building ‘ScHiCcompare.Rmd’ using rmarkdown

Quitting from ScHiCcompare.Rmd:278-292 [unnamed-chunk-9]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `mice.rf_impute()`:
! object 'n_imputation' not found
---
Backtrace:
    ▆
 1. └─scHiCcompare::scHiCcompare(...)
 2.   └─scHiCcompare::scHiCcompare_impute(...)
 3.     └─scHiCcompare:::pools_impute(...)
 4.       └─base::lapply(seq_len(length.Dpool.list), process_pool)
 5.         └─scHiCcompare (local) FUN(X[[i]], ...)
 6.           └─scHiCcompare:::mice.rf_impute(...)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Error: processing vignette 'ScHiCcompare.Rmd' failed with diagnostics:
object 'n_imputation' not found
--- failed re-building ‘ScHiCcompare.Rmd’

SUMMARY: processing the following file failed:
  ‘ScHiCcompare.Rmd’

Error: Vignette re-building failed.
Execution halted

nebbiolo1 CHECK output

[top]

nebbiolo1 BUILD BIN output

[top]